Dopo essere stata sconfitta ancora una volta da un Angelo, il rapporto di sincronizzazione di Asuka con l'Unità 02 continua a diminuire, inficiando la sua abilità di pilotare il mecha. Intanto fa la sua comparsa l'Angelo Arael, che si mantiene negli strati alti dell'atmosfera terrestre, rimanendo a distanza da ogni possibile attacco, incluso da parte degli Evangelion. Asuka riceve l'ordine di fare da supporto a Rei, ma la ragazza, infuriata, si lancia all'assalto del nemico per confrontarlo da sola. L'Angelo utilizza un'abilità telepatica che costringe Asuka a rivivere gli eventi traumatici della sua infanzia, come la pazzia e il suicidio della madre, causandole un'angoscia tale da perdere completamente la sincronizzazione con l'Eva, che si disattiva. Gendō ordina allora a Rei di prelevare la lancia di Longinus e di scagliarla contro il nemico. L'arma riesce a penetrare l'AT Field di Arael e lo distrugge, ma nella sua corsa raggiunge la velocità di fuga e fuoriesce dall'atmosfera terrestre, perdendosi sulla luna.