En hätsk jakt efter Agent Mulder inleds och regeringen arbetar snabbt för att återfå de försvunna datafilerna. Scully finner sig obeslutsam inför nästa steg i sökandet efter Mulder då hon verkar vara den enda som tror att Mulder fortfarande lever och hon söker stöd hos sin familj, medan Mulder kämpar för sin egen överlevnad.