Vďaka záhadnej tekutine je možné vytvoriť nové zmutované tvory. Zlý Shredder ich chce použiť proti korytnačkám. Mladý chlapec Keno rozváža pizzu. Pri jednej rozvážke pristihne bandu lupičov, ktorí kradnú tovaru. Keďže dobre ovláda bojové umenia, postaví sa neohrozene proti nim, a než sa spamätá, má po boku tri korytnačky, s ktorých pomocou lupiča porazí. V tej istej dobe sa prebúdza k životu Shredder, ktorý ninjom prisahá pomstu. Medzitým urýchlene pokračuje likvidácia odpadu na skládke podniku TGRI; práve tekutina, ktorá odtiaľ kedysi unikla, spôsobila mutáciu korytnačiek a potkanov a ešte stále ohrozuje všetko živé. Profesor Jordan Perry už zlikvidoval prakticky všetky fľaše, zostáva len jedna. Lenže tá sa dostane do rúk Shredderovi a jeho pešiakov.