Kilka tysięcy lat po tym, jak tajemnicze zjawisko zamienia całą ludzkość w kamień, niezwykle inteligentny, napędzany nauką chłopiec, Senku Ishigami, budzi się ze skamieniałości. W obliczu kamiennego świata i całkowitego upadku cywilizacji Senku postanawia wykorzystać naukę do odbudowy świata. Zaczynając od jego super silnego przyjaciela z dzieciństwa Taiju Oki, który obudził się w tym samym czasie, zaczynają odbudowywać cywilizację z niczego. Pokazując dwa miliony lat naukowej historii od epoki kamienia, do dnia dzisiejszego.