The Emperor's New School gaat over Kuzco, een egoïstische en verwende tiener. Om keizer te worden, moet hij de uitdagingen van een openbare Incaschool doorstaan en zijn examen halen. Zijn vriendin Malina houdt hem op het rechte pad. De kwaadaardige Yzma, vermomd als rector Amzy, en haar domme rechterhand Kronk, doen er alles aan om Kuzco te laten falen.