Mulder recherche l'assassin de son père avec Scully et Skinner, qui détient désormais la disquette tant recherchée. Ils rencontrent Victor Klemper, un ancien collègue de son père qui leur révèle l'existence de l'opération Presse Papier : les Etats-Unis protégeaient des criminels de guerre en échange de leurs connaissances scientifiques. Guidés vers une mine contenant des milliers de dossiers et d'échantillons, ils en apprennent un peu plus sur ce fameux projet secret...